No.2の方がおっしゃる通り、施策を「せさく」と読むのは「試作」と区別するために故意に本来と違う読み方をしている、というのが一般的な理由です。ただ、中には施策は「せさく」と読むのが正しいと思い込んでいるだけ、という場合もあります。
似たような言葉に施行「しこう」という言葉がありますね。敢えて「せこう」と読むのは、「執行」「試行」などの言葉と区別するためです。

他には、私立を「わたくしりつ」、市立を「いちりつ」と読んで、両者を区別するケースや、「科学」と区別するために化学を「ばけがく」と読むケースがあります。

余談ですが、漢字には慣用読みと呼ばれるものもあり、これは、本来は間違いであるが余りにも多くの人が誤って読むために通常の読み方として認めたものです。例えば、「消耗」は慣用読みでは「しょうもう」ですが、正式な読みは「しょうこう」です。
ご参考までに。


教えて！goo
なぜ施策を「せさく」と読むのですか？
http://oshiete.goo.ne.jp/qa/1263215.html

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これはとてもタメになった！
・・・ていうか「せさく」と読むのが正しいと思い込んでいるだけでした OTL

しかしそれに比べてこっちのベストアンサーのクオリティの低さと言ったら！